孙恩也不过在岛上聚集了百余名坚决拥戴自己的五斗米道信徒，只好等待时机，以便举兵反晋，为叔父报仇。孙恩就以此为机会，带了岛上的百来号人登陆，在城内人的配合之下，连续攻破了会稽的两座县城，军队在短期内扩大到了几万人。孙恩责骂几句后将他们统统杀死。孙恩摄于她的风采，为之动容，将她放走。成分上的巨大差别，使得军队的目的混杂不清，缺乏明确的目标。朝廷动兵之时，孙恩还想着得到朝廷承认，没有做出提前应对。
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打赢淝水之战后，东晋并没有迎来绝地反弹，北伐统一中原，而是更深入的沉醉于“魏晋风流”的美梦之中，世家大族掌握权势，醉生梦死，底层百姓则过着民不聊生的日子。
朝廷的统治也有些摇摇欲坠，刘牢之和桓温之后桓玄各自代表着朝廷和地方，逐渐从看不顺眼发展到了动刀动枪的地步，越发加剧了百姓生活的困窘。
这时，，东南边出现了一个五斗米的传教士，顺便插一句，这个五斗米道，又叫做天师道，是道教早期的重要流派之一，是汉顺帝时期由祖师张陵在四川创立，到他子孙张鲁的时候发扬光大，以教派的力量，在那个年代夺取了富饶的汉中地区，被曹操消灭后，五斗米道继续发展，扩展到了全国的各个地区。
有一个叫做孙泰的人，他是当年赵王司马伦手下那个孙秀的子孙，司马伦在的时候孙家烜赫一时，等到失败，立即衰落，在门阀士族垄断朝廷的时候，孙家好多代人都没有了当官的途径。慢慢的，他们迁移到吴郡，信奉起了五斗米道。
孙泰是个本事不小的人，他拜了师傅，他那个师傅很有能力，曾经问别人借了一把刀，过了好几天也没还，还对借给他刀的人说：“我马上还你，但不需要我亲手给你。”那人似信非信的，不过一把刀也不值钱，不好逼迫。几天后，借刀的人有事情坐船，忽然有一条大鱼跳上船，大家忙上前按住，要来一顿鱼肉吃，不料破开鱼肚子，竟然在里面发现了借出去的那把刀。事情传出去，这人的名气轰动了地方。而孙泰学习到了五斗米道的秘术，等到师傅死后，就开始自己的传道生活，吴郡地区不管是官员还是百姓都趋之若鹜。这样一来就引起了朝廷的不安，找了个罪名把他扔到广州，结果孙泰在广州继续传道，就连南越的蛮族也有不少加入了五斗米道，广州刺史也对他深信不疑，给了他一个太守的位置，孙泰的名气甚至传到了朝廷，司马元显都曾经派人向他学习秘术。
势力增加也扩大了当事人的野心，孙泰认为晋朝已经到了终结的时候，正是他们这些低等士族出头之日，就开始煽动百姓。这么大的动静引起了朝廷的恐惧，司马道子以厚礼引诱孙泰入京，等他一刀，立即发动，将孙家一干人抓住，多人被杀，只有他的一个侄子叫孙恩的幸免于难，逃到了海中的海岛上避难。
当时一些五斗米道的信徒不信孙恩的叔父真的死了，认为他是“蝉脱登仙”，所以纷纷到海岛投奔孙恩，并给孙恩馈赠资财。尽管如此。孙恩也不过在岛上聚集了百余名坚决拥戴自己的五斗米道信徒，只好等待时机，以便举兵反晋，为叔父报仇。
时机很快就出现了。海边的吴郡，百姓都处于被压迫的阶层，上层的君主和贵族基本上是双重的压迫，多重的税收让百姓的徭役赋税不断增加。而且，桓玄等人占据了长江上游的几个大州，不肯将赋税交给朝廷，皇帝控制的范围仅仅只有扬州一地，掌握朝政的司马元显连驻扎在附近的北府军都不能控制，他为了扩大朝廷的影响力，想要建立一支新军，而建立新军的费用也是需要百姓来出。而当兵的人则是要那些中下层的小贵族交出给他们种地的农民，这一道命令下去，不管是农民还是中下层贵族，全体哗然起来。
孙恩就以此为机会，带了岛上的百来号人登陆，在城内人的配合之下，连续攻破了会稽的两座县城，军队在短期内扩大到了几万人。在他的号召下，扬州之内有八个郡同时起义，击杀了当地的地方官响应孙恩，八个郡不少地方官弃官而逃，许多士兵弃械投降，很快的，这广大的地区都成为了孙恩属下。
孙恩手段酷烈，行军过程之中，如果因为军中的妇女儿童导致速度被拖延，他就能下令将这些人扔到水中淹死，还说什么：“祝贺你先登天堂，我随后就到。”对待手下都如此，更别说那些贵族，王氏、谢氏、宗室司马氏都有官员在这次动乱之中丧生。
死的人里面最出名的估计就是王凝之一家了，王凝之就是书圣王羲之的儿子，他也继承了父亲的本事，擅长草书和隶书，并以此出名。不过他相比于自己的父亲，兄弟，那还是差了许多，不说王羲之，就连他弟弟王献之，王徽之都比他的书法要好，名气要大，王凝之一生最出名的还是他娶回家的老婆，就是谢家著名才女谢道韫。
谢家就是谢安的谢家，小时候一家人聚餐，外面下起了大雪，谢安就问这些小辈，要怎样来描绘这场大雪？一个就说：“很像是将盐撒入空中。”谢道韫则接口道：“未若柳絮因风起。”一言既出，四座皆为惊叹，也是从此之后，世间都称呼能诗能文的女子为“咏絮才”。到了该嫁人的年纪，谢家的女儿也只有王家的儿子能够配得上，谢安就到王家挑来选去，一开始，他看中的是王徽之，这位最出名的事迹是一天半夜读书，想起了一个朋友，他也不管外面大雪纷飞，冒着雪出门走了老远跑到朋友家门前，正要敲门的时候，忽然止住了，停了一会，转身回家去了。家人很奇怪，问他没事干跑了老远，没见到人就回去，这不折腾么？王徽之就说出了一句魏晋时期堪称典范的话来：“我乘兴而来，兴尽而返，何必非要见到人呢？”如此风流人物，不晓得谢安为何没有选择，而是选了兄弟几个之中最不起眼的王凝之。结婚之后，谢道韫也对丈夫有些不满，回家之后面色不郁，谢安就问：“你丈夫可是王羲之的儿子，风评也不错，你怎么看着不高兴呢？”谢道韫道：“王家的亲戚里面，有您这样的，还有谢玄兄长那种的，想不到，在这些杰出的人中，还有他这种平庸之辈。”虽然抱怨，嫁也嫁了，谢安也不过叹息几句而已。
婚后的感情还好，生下了四个儿子，王凝之也借助家中的能量一直升官，在孙恩造反之时，他担任的是会稽内史一职，正处在造反的风头上。当孙恩的军队逼近城下，这位同样虔信五斗米教的王凝之，做的并不是召集士兵，而是在家中设置张陵张天师的神位，日夜祷告，希望天师能速速的除掉孙恩这个妖孽。部下来请他下令的时候，王凝之还得意洋洋的说道：“我已经请到了道祖的法令，借来神兵数千，镇守各个地区，就算敌人有十万之众，也不可能前来了。”谢道韫劝他也没用，只好学了自家叔父“但尽人事”的本领，亲自招募了数百名家丁天天训练。
孙恩大军杀到的时候，会稽完全没有防备，被轻轻松松的攻了进去，王凝之还在祷告，下人慌慌张张的冲入房间喊道：“贼人入城了。”他才跳起来就跑，带了几个儿子上马狂奔，走了几里地就被追上。父子几人都被抓回。孙恩责骂几句后将他们统统杀死。倒是谢道韫率领训练的家丁冲杀出去，还真的杀死了不少敌人，无奈寡不敌众，还是被抓。孙恩摄于她的风采，为之动容，将她放走。
孙恩的军队好似雪球一般越滚越大，在杀死王凝之后，已经成为一股足以威胁朝廷政权的力量，朝廷也慌了，由司马道子挂帅，司马元显为将军，要一举灭掉孙恩一党。
随着投靠孙恩的人越来越多，军队的成分也越来越复杂，其中有不少自己带兵加入的小贵族，这些人有着相当的文化和能力，在军中的级别也在逐步提升，得到了孙恩的信任。其中几个还担任了八郡的太守一职。成分上的巨大差别，使得军队的目的混杂不清，缺乏明确的目标。孙恩甚至都觉得已经大功告成，他自称将军，上书给晋安帝，历数司马道子和司马元显的罪恶，请求诛杀此二人。上书之后，他继续劫掠金银财宝，全然没有想过如何应对晋朝可能的反应。
刚开始，孙恩声势最大的时候，就连都城建康附近都有不少人想要趁机起兵响应，人心动荡之下，朝廷被迫对都城实行了戒严措施，将孙恩视为头等大患，司马元显亲自担任将军，各世家也都显示了诚意，谢琰作为大族的代表，都督军队东征，刘牢之主动请缨，率领自己的北府军一同出发。
朝廷动兵之时，孙恩还想着得到朝廷承认，没有做出提前应对。开始他还蛮想得开，还对属下说：“我有浙江以东之地，怎么说也可以做一个越王啊。”
事与愿违，谢琰作为谢安的儿子，还有家族作战的基因，率领大军发起攻击，在义兴与一支敌军遭遇，官军大胜，斩杀敌将，夺回了义兴城。刘牢之也率军赶到，两边合力之下，孙恩一败再败，接连丢失了几座城池，被迫不断后撤，他想借助钱塘江天险，仿效当年的勾践割据一地，结果面对天下闻名的北府军，他手下的军队简直就是不堪一击，刘牢之很快打过了钱塘江。孙恩总算清醒了过来，对比了一下双方的力量，他当即决定放弃根据地，说了一句：“我不会因为逃跑而感到羞愧的。”便带了剩下的二十万军队及家属，再次逃入海中。刘牢之带兵追击不及，配合其他的官军很快地将余下的几只起义军一一歼灭。
获胜之后，北府军撤回驻地，但是孙恩跑了。这人不除，朝廷还是不放心，于是下诏，由谢琰担任会稽太守，都督沿海军事，防御孙恩。
话说此时的谢琰已经不是当年大破秦兵的样子，在战后，他本来有一条极为光明的前途，立下大功，父亲还是当朝相国，兄长则是军方第一人，怎么说也不会误了他的前程。可世事难料，战后，谢安被朝廷猜忌，自请离开，谢玄则年轻轻的病死，谢琰本人还得罪了朝廷高官，于是，十几年的时间，当年的部下刘牢之成为强大的藩镇，而他自己竟然连刘牢之都比不上。谢琰心怀抑郁，他是谢家族长，名望又高，当他不想做事的时候，当地没有人能压的住他，因为接连获胜，他也不把孙恩放在眼中，光顾着自己玩乐，既不安抚百姓，对于防备的事情也不放在心上。部下请求他好歹关心一下敌人，谢琰傲然道：“当年苻坚百万之师，还不是被我击败。孙恩区区小贼，逃奔海岛，怎么可能再出来？要是真敢再出，那就是来送死的了。”对部下的请求一笑置之。
人家可不这么想，毕竟海岛之上的孙恩还有十万以上的部众，就算有人接济，也不可能坚持很长时间。于是，几个月后，孙恩将军队整顿完毕，偷偷渡海，再次选择山阴附近为突破口，一举登陆成功。
谢琰派出军队攻击，获胜后迫使孙恩再次撤回海上。不久，孙恩再次登陆，连战连胜后，百姓大为惊惶，谢琰还不以为意，众将请求他严防，他还摇头道：“这家伙自己来送死，等我一出，自然可以歼灭敌人。”在他眼中，敌军都是乌合之众，全然不值一顾。过了几天，孙恩军队已经迫近会稽城，谢琰下令出击。正是早晨，大家伙还没吃饭，有将领请求吃完饭在出兵不迟，谢琰豪气道：“小丑轻易可平，等我吃完饭后再回来吃饭。”将领固请不已，他还恼怒起来，把那员将领鞭打了一顿后，带领依然是饿着肚子的大军出城。
孙恩利用对方骄傲轻敌的心理，佯装不敌，不断后撤，一直到事先选择好的一处狭隘泥地，官军骑兵不得不下马，队列也变得散乱，只能鱼贯而行。等到官军走到预定的地点，孙恩军队四面杀出。官军开始还能依靠良好的训练和指挥进行抵抗，突然之间，海中传来声音，大批船只快速的接近，上面赫然站着的都是孙恩的军队，水陆夹击之下，追了好久，打了好久，肚子接难耐的官军终于抵挡不住，先锋将领见败局难以挽回，下马与敌军作战，格杀了数十人后阵亡。前锋战败，谢琰带领后队急急撤退，不料正在撤退过程中，他先前鞭打的那员将领从后面跑出来，一刀砍在谢琰战马的大腿上，再一刀，将摔到地上的谢琰砍杀。主将阵亡，官军全线溃散，孙恩大军杀入会稽城，将谢琰一家人全部杀死。
谢琰的死震动了朝廷，为了防止更多的人投靠孙恩，朝廷采取了异常残酷的镇压措施，当初八郡之一的吴兴，其太守竟然因为一些人给起义军提供协助，就杀死了数千名男女。在如此镇压之下，起义军无法得到援助，只能继续在沿海一带活动，与官军周旋了好几个月，中间有胜有败，一直处于相持阶段。
朝廷只好再次调遣刘牢之为都督，孙恩一听说是他来，转头上船，再次回到海岛。
这算是五斗米大起义的第一个暂停期。
