后来北洋水师官兵因琐事与当地警察发生冲突，双方各有伤亡，史称“长崎事件”。1894年7月25日上午，日本海军联合舰队在朝鲜丰岛海域向北洋水师打响了第一炮，甲午战争由此爆发。甲午战败后，朝廷又派李鸿章出面收视残局，对日议和。
甲午战争是中日之间爆发的第一次大规模战争，按中国干支纪年，战争爆发的1894年为甲午年，故称甲午战争。这场战争以中国战败，北洋舰队全军覆没而告终结，1895年4月17日，李鸿章代表清朝政府与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。
在中日两国关系史上，甲午战争具有非常重要的地位，后来的许多事情都与此事有关，若想厘清两国交恶的历史，也必须从1894年的这场战争谈起。
战争前的几次小摩擦
1871年，清廷与日本正式建交，但就在三年后的1874年，却发生了台湾原居民杀害琉球渔民事件。
琉球在历史上曾长期向清、日两国同时进贡称藩，所以日本一向将其视为自己的属国。这一事件发生后，日本立即派员到北京与清政府交涉，后来日方又强行将琉球纳入其领土范围，引起了清廷的抗议和不满。
晚清重臣李鸿章
1884年12月4日，朝鲜亲日贵族和官员策划了一次政变，政变的目的有两个：一是脱离中国独立；二是改革朝鲜内政。12月6日，驻防朝鲜的袁世凯率领清军镇压了这次政变，发动政变的朝鲜开化党人或被处死，或亡命日本。这次政变有日本人从中协助，期间一些日本士兵在战乱中被杀，对于本国士兵死于政变，日方承认是自己的错误，据日本陆军省内部资料记载：“（派兵入朝导致被杀）这件事，可以说是由我方引起的。”但后来日本政府却不甘罢休，找清廷交涉，经过一番谈判，双方签订了《中日天津会议专条》，条约主要内容如下：
一、议定清、日从朝鲜撤兵的日期；
二、清、日两国均不要再派员到朝鲜充当军事教官；
三、朝鲜若有变乱或者重大事件，清、日两国其中一国要派兵入朝，应先行文知照对方。
中国当时是朝鲜的宗主国，清军在朝鲜的军事行动按理说并无通知日方的必要，但不知出于什么考虑，清廷竟然答应了日方的这个无理要求。文史学者冯学荣在《日本为什么侵华》中评论说：“可以说，从这个《中日天津会议专条》可以看得出来，大清国对日本的外交，从早期开始，就是退让、软弱的。这其实是个很不好的开头。”
1886年7月，当时尚未正式成军的北洋水师在李鸿章命令下，抵达朝鲜元山一带巡弋操演，后来又到俄国海参崴访问。铁甲舰在长途航行后，一般都要回港涂油维护，而当时中国的旅顺军港还未完工，李鸿章决定由水师提督丁汝昌率镇远、定远、威远、济远四舰到日本长崎三菱造船所检修，并对日本进行“亲善访问”，这也是中国舰队首次访日。
后来北洋水师官兵因琐事与当地警察发生冲突，双方各有伤亡，史称“长崎事件”。与以往处理外交事件不同，清廷在长崎事件中态度强硬，北洋水师总教习琅威理甚至提出了对日断交、武力解决的主张。后来双方互相让步，一致认定是语言不通导致误会，肇事者由本国政府自行处置，死伤人员由对方给予适当抚恤。在善后处理中，日本支付的抚恤金额远远超过了中方，其实等于日本变相向中国赔了款。长崎事件虽然以和平了结，但日本朝野的反华、仇华和排华情绪却被煽动起来，深受刺激的日本海军扬言：“一定要战胜北洋舰队。”
这些小的摩擦和冲突，虽未发展成大规模战争，却为日后的甲午之战埋下了伏笔。
两国兵戎相见
日本政府终于找到了一个复仇机会，1894年1月，朝鲜爆发了赫赫有名的东学党起义，中日两国反应也都极为迅速，根据《中日天津会议专条》的规定，各自派兵入朝并提前通知了对方。但朝鲜政府很快便与起义军达成了妥协，起义军随即解散。这时中日军队应撤军回国，但日军却以朝鲜骚乱尚未彻底平定为由，继续留在朝鲜。
日本首相伊藤博文
日本此举其实是醉翁之意不在酒，真正用意是对付中国。
1894年7月25日上午，日本海军联合舰队在朝鲜丰岛海域向北洋水师打响了第一炮，甲午战争由此爆发。关于此事，《日本为什么侵华》一书如此记述：“值得一提的是，明明是日本联合舰队先开的炮，可是日本海军将领山本权兵卫却故意将《航海日志》等原始资料篡改为‘清国海军先开的炮，日本海军被迫还击’。日方这样篡改真实的历史，无非是想推卸战争责任、混淆国际视听。当然，这同时也许说明了，日方从一开始对于自己所挑起的这场甲午战争的正当性，就没有足够的底气的，是心虚的。”
当时北洋舰队对日本还是有心理优势的，朝野也普遍认为中国当时的国力、军备和军力都优于日本，对付英、美等强国可能有难度，但收视日本还是绰绰有余。但无情的现实很快击碎了大清国的天朝梦，1894年9月17日，中日海军在黄海大战，北洋水师大败；同时日本陆军也从朝鲜跨过鸭绿江，进入中国东北。11月21日，日军攻占旅顺口；1895年2月17日，攻陷威海卫，李鸿章经营多年的北洋舰队全军覆没。
在这种背景下，清廷不得不割地赔款，1895年4月17日，直隶总督兼北洋大臣李鸿章与日本首相伊藤博文在日本马关签订了近代史上著名的《马关条约》，主要内容如下：
一、大清国割让台湾及附属岛屿给日本；
二、大清国向日本赔偿白银二亿两；
三、大清国向日本割让辽东半岛。
日本政府对甲午战争其实早有预谋，甚至可以说是蓄谋已久。据《日本为什么侵华》透露，早在1890年代初，日本陆军参谋本部就积极改革军制，充实军备，而日方的积极备战，也让中日两国的政治和军事格局发生了彻底改变。
日本借钱打赢了战争
甲午战争其实是日本借钱打赢的，据日本国会图书馆保存的档案记载，当时日本为了打赢战争，全民举债，败了全民承担，胜了对方赔款——战后日本果然从中国捞了一大笔钱，为日后崛起赚了第一桶金。
与日本全民举债相比，中国的国防和军备投资少得可怜。坊间传言，在甲午战争中击沉北洋舰队“致远”舰的日本“吉野号”战舰，原来本是中国定制的，但清廷将海军经费修了颐和园，中央财政空虚，无力支付舰款，最后“吉野号”落到日本人手里。
当时中国的海军建设由李鸿章具体负责，但他的海军发展计划从一开始就极不顺利，还饱受朝廷派系倾轧之苦。
1891年6月，李鸿章准备在山东胶州（今青岛）、烟台一带筑造炮台，虽然得到朝廷允许，却遭到户部尚书翁同龢反的对。翁同龢以户部名义奏准暂停南北洋购买外洋枪炮、船只、机器两年，李鸿章对此极为愤懑，在致云贵总督王文韶的信中抱怨说：“枢密方议增兵，三司已云节饷，军国大事岂真如此各行其是而不相谋！”台湾巡抚刘铭传也为李鸿章抱不平：“人方惎我，我乃自决其藩，亡无日矣！”正是在此期间，北洋舰队原来保持的优势和领先很快被日本海军超越。
北洋水师官兵
中日爆发冲突时，翁同龢极力主战，获得朝野时誉的一致好评；而深知中国军备内情的李鸿章，主张依靠列强调停来消弭战端，却被扣上了投降卖国的帽子，“李二先生（李鸿章）是汉奸”一说百余年来甚嚣尘土。关于李鸿章与翁同龢之间的交锋，海军史学者姜鸣在《天公不语对枯棋》中有一段精彩描述：
那年９月３０日，中日黄海大战之后，翁同龢奉旨前往天津，与李鸿章会商战况。问及北洋军舰时，李“怒目相视，半晌无一语”，旋慢慢调头说：“师傅总理度支，平时请款辄驳诘，临事而问兵舰，兵舰果可恃乎？”
翁同龢辩称：“计臣以樽节为尽职，事诚急，何不再请？”
李鸿章愤愤反问：“政府疑我跋扈，台谏参我贪婪，我再哓哓不休，今日尚有李鸿章乎？”
翁同龢为之语塞。
甲午战败后，朝廷又派李鸿章出面收视残局，对日议和。李熟读史书，知道此行对其个人声誉是个毁灭性的打击，但人在庙堂，身不由己。进京请辞时，李鸿章故意邀翁同龢同赴日本，翁同龢害怕背上割地赔款的罪名，婉言相拒：“若余曾办过洋务，此行正不辞。今以生手办重事，胡可哉？”李鸿章赴日谈判签约，在马关遭日本浪人狙击，弹中颧骨，虽未丧命，回国后却遭国人唾骂，圆滑的翁同龢也未幸免，有副著名的对联将其与李鸿章并列：“宰相合肥天下瘦，司农常熟世间荒（李鸿章是合肥人，翁同龢是常熟人）。”
三国干涉还辽事件
地处中国北方的沙皇俄国一直对中国东北虎视眈眈，对《马关条约》中“大清国割让辽东半岛给日本”非常敏感，因为一旦在辽东半岛出现日本势力，势必对其利益造成巨大威胁。沙俄于是联合德、法共同对日本施压，要求日本政府将辽东半岛还给中国，这一事件在历史上被称为“三国干涉还辽事件”。
沙俄在给日本的劝告书中这样写道：
认为辽东半岛为日本所有，不特有常危中国首都之虞，且同时朝鲜国之独立亦为有名无实，对于将来远东之和平予以障害，因之，俄国政府为向日本政府重表诚实友谊，兹劝告日本政府：应放弃领有辽东半岛。
法国和德国也向日本发出内容大同小异的劝告书，敦促日方放弃辽东半岛。与此同时，俄、德、法还出动战舰，以军事进攻威胁日本就范，摆出了一副“你不就范，我就开火”的架势。
日本当时战胜中国已属不易，确实无力再与俄、法、德抗衡，于是便与三国妥协，最后日本提出一个条件，中国必须再付给日方5000万两白银，作为辽东半岛的“赎金”。俄国觉得这个“价格”有点离谱，便提议降为三3000万两，日本最后同意了这个提议，结果中国以3000万两白银的代价，将《马关条约》中割让的辽东半岛“买”了回来。日本人将此事视为奇耻大辱，日本天皇还专门为此颁布诏书，要求全体国民“卧薪尝胆”，这也成为后来日俄战争的一个主要原因。
