据新编《厦门佛教志》载，石室禅院乃闽南刚开发时最初建的一批寺院之一。玳瑁山至今仍留有戚将军抗倭遗迹“游城古寨”、“尖山古寨”。另有明高僧正旭之母寿域，规模庞大。石室禅院从2004年开始重修，修复后的石室禅院占地面积达六万平方米，建筑面积为1.5万平方米。在坐南朝北的中轴线上，分布有目前全国最长的108米照壁、放生池、护法殿、大雄宝殿、药师密坛、12生肖寿字壁、祈福钟殿等，主体突出，巍然壮观。
厦门石室禅院简介
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药师佛道场石室禅院位于玳瑁山下，面对灵鹫山，据漳州府志、龙溪县志、海澄县志记载：石室禅院创建于唐垂拱二年(686年)，原为人们修行的石室。后唐同光三年(925年)，始建为寺院。宋英宗治平二年(1065年)曾修建或添建。元代元统甲戌(1334年)，由晦庵和尚主持重建，建梵宫、僧房、塑佛像，宛然名刹，奠定了石室禅院之规模。明天顺八年(1464年)一度修葺。明成化年间(1465-1487年)寺废。隆庆三至五年(1569-1571年)，由漳州芝山开元寺高僧云轩和尚主持理修，建法堂、山门和廊庑，周围筑墙，焕然一新。清朝是石室禅院的鼎盛时期，曾由朝廷下圣旨嘉奖该寺院药师佛显灵灭除瘟疫的事迹(圣旨碑还保存完好)。垂拱年则属于闽南开漳，陈元光授第一任刺史之时。据新编《厦门佛教志》载，石室禅院乃闽南刚开发时最初建的一批寺院之一。
石室禅院在宋、元、明、清、民国经过多次重建，院内有多块石碑来记载这些历史。明朝末年，倭寇侵扰闽浙沿海，戚继光将军领兵抗倭，倭兵闻风丧胆。玳瑁山至今仍留有戚将军抗倭遗迹“游城古寨”、“尖山古寨”。禅院前仍留有当年扎兵驻寨时所用马槽，具一定历史参考价值。禅院东侧，为各朝僧尼之墓穴，以清朝居多，院内多存有这些古墓碑，尚未破坏。另有明高僧正旭之母寿域，规模庞大。其中已发现有三座明朝本寺住持的父母亲古墓在寺院旁边，这种特殊现象在中国寺院比较少见。
千年的古寺，崇峻的玳瑁山，雄壮的灵鹫山，自古就相传有十八景。而今好多景色都仅成了历史名词，然而仍留有不少景迹供后人玩赏，“高山天湖”、“试剑石”、“高山飞瀑”、“仙人足迹”、“观音崖”、等等，也留下不少传说，令后人回味。
1、山间叠石：寺院后山有许多叠石风景，有天龟下凡、西游记人物像等，有许多像形石头叠着岩石，相传为秦始皇一统天下后，为平江山，令人用神鞭赶石至此入海，赶石之人懈怠。至玳瑁山时，看大海近在眼前，以为大功即可告成。打了一盹，醒来后群石已驻留定形而不前了，故留迹于今。
2、观音崖：在寺院与玳瑁天湖之间有一高百米悬崖叫观音崖，寺院以前四周皆为村庄。村中有一寡妇，因不堪乡人诬为不轨，而在寺内佛祖前发一狠愿后，就上山爬至寺院后山崖跳下，以证清白。得观音救护，安然无恙，故称此崖为“观音崖”。
3、试剑石：文殊菩萨曾因此寺兴为药师道场而应现禅院，玳瑁山神向菩萨请教佛法，对答之间，菩萨以剑试石，来喻佛法之妙，犹如宝剑，砍断世间一切烦恼。今留此迹供后人瞻仰。
4、仙脚石：禅院后有一巨石，名为“仙脚石”，相传古时有龟精作怪，骚扰民间，乡人来禅院祈求观音菩萨，显灵降伏，菩萨大显神通，龟精化为石头，菩萨所站之处，也因此留下脚印。故称“仙脚石”。
1997年，受市佛协委托，兼当地居士邀请。忠明法师来寺住持弘扬药师法门，忠明法师本科毕业于闽南佛学院，驻寺后乃发起重兴石室禅院药师佛古道场之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流，并在2000年初创立厦门市石室禅院慈善功德会。功德会以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，以“感恩、净心、惜福”为理念，联合了一大批学佛青年及热心人士参与慈善活动，举行了诸如助学、济贫、环保、助医、义卖、文化讲座、老幼关怀等各种慈善活动与有益于人心净化的活动。
石室禅院从2004年开始重修，修复后的石室禅院占地面积达六万平方米，建筑面积为1.5万平方米。整座寺庙沿山势自然上升，层次分明，错落有致。在坐南朝北的中轴线上，分布有目前全国最长的108米照壁、放生池、护法殿、大雄宝殿、药师密坛、12生肖寿字壁、祈福钟殿等，主体突出，巍然壮观。东侧次第为伽蓝殿、鼓楼、僧舍、地藏殿、观音阁、琉璃宝塔、药师佛塔、藏经阁等建筑。西侧次第为内外山门、500罗汉群、福寿楼、福慧楼、客堂、抄经堂、五观堂、弘法讲堂、祖师殿、钟楼等建筑。
